Lors d'une station de prélèvement, les derniers instruments scientifiques à entrer en action sont les filets. Ils sont descendus à différentes profondeurs, parfois à l'aide d'un poids, selon ce que l'on cherche à échantillonner. C'est au cours de leur remontée qu'ils «pêchent » jusqu’à la surface tous les animaux et les organismes plus petits que leur maille, sur leur passage. Le contenu du collecteur est ensuite vidé, filtré et recueilli dans de petites bouteilles puis transvaser dans les tubes et microtubes... Les filets sont soigneusement rincés pour ne pas garder de traces des organismes. Ils sont ensuite séchés sur le pont du navire et stockés jusqu’à la prochaine station d’échantillonnage.